Organo collocato in cantoria, sopra al portale di ingresso principale, entro cassa lignea policroma addossata alla struttura muraria.
La cassa, restaurata da Giovanna Aulisio, presenta una campata delimitata lateralmente da coppie di paraste scanalate con motivi ornamentali a traforo. Al di sopra dell'arco a tutto sesto si trova una statua lignea dorata di San Giovanni Battista. Ai lati della cassa vi sono due telai con pannelli sovrastati da cimasa che racchiudono la manticeria.
 

Tastiera originale di 58 tasti (Do1, La5), i primi quattro tasti cromatici richiamano meccanicamente i corrispondenti tasti dell'ottava superiore. I tasti diatonici sono ricoperti in osso e quelli cromatici sono in legno da frutto.
Pedaliera a leggio, originale (modificata da Giuseppe Prestinari nel 1893 nella dimensione strutturale, ma non nell'estensione) di 18 pedali (Do1-Fa2) più un pedale accessorio con incastro per la Terza Mano. L'estensione reale dei registri del pedale è di 12 note, da Do1 a Si1, ad eccezione della Bombarda, che è di 12' (da Fa1 a Mi2). L'unione fra tasto e pedale è permanente.
Registri comandati da manette ad incastro estraibili poste su due colonne a destra della tastiera.
Spezzatura bassi soprani fra i tasti Si2 e Do3.
Accessori: due pedaloni ad incastro per la Combinazione Libera alla Lombarda ed il Tiraripieno, tre pedaletti ad incastro per Corno Inglese, Ottavino soprani, Tromba e Fagotto.
Trasmissione meccanica.

Somiere maestro a vento e borsini in legno di noce dotato di 25 pettini.
Tre somieri secondari in legno di noce:

1. Contrabasso e Rinforzi: lungo la parete di fondo, a destra, reca 12 canne in legno per il Contrabasso (Do1-Si2) senza valvole cromatiche e 12 per le Ottave di Rinforzo. Le canne da Do1 a Mib1 del Contrabbasso sono tappate.
2. Bombarda: a sinistra del somiere maestro, lungo il fianco della cassa dell'organo, reca 12 canne di cui la prima è di 12', con tube piramidali in legno e canaletti in ottone;
3. Principale 16' bassi: a livello del somiere maestro, a sinistra lungo la parete di fondo, dotato di 12 ventilabri, reca 12 canne in legno di 8' (Do2-Si2 del Principale 16') con relative 12 canne di metallo di rinforzo nella tessitura di 4'.

Quattro mantici a cuneo sono collocati ai lati dello strumento, due per ciascun lato.

Pressione del vento: 53 mm in colonna d'acqua.
Temperamento inequabile: 2 quinte pure (Do#-Sol#, Mib-Sib), 3 quinte analoghe a quelle del temperamento equabile (Si-Fa#-Do#, Sib/Fa), 6 quinte temperate a 1/6 di comma sintonico (da Fa a Si) e 1 quinta del lupo (Sol#-Re#).

Prospetto e cantoria